Ferramentas ou dispositivos para gerar produtos utilizando a capacidade de conversão sintética ou química de um sistema biológico. Eles podem ser fermentadores clássicos, sistemas de perfusão em cultura de células ou enzimas biorreatoras. Para produção de proteínas ou enzimas, geralmente são escolhidos micro-organismos recombinantes tais como bactérias, células de mamíferos ou insetos ou células de plantas.