Áreas de densidade aumentada das sequências de citosina--fosfatodiéster--guanina dinucleotídeo . Formam fitas de DNA com extensão de várias centenas a vários milhares de pares de bases. Em
humanos, há cerca de 45.000
ilhas de CpG encontradas principalmente nas
extremidades 5' dos genes. Elas não são metiladas, exceto aquelas nos
cromossomos X inativos e algumas associadas com genes impressos.